在《忍者神龟3》的故事模式中，玩家将能够体验到一系列精彩纷呈的关卡和挑战，每个关卡都设计有独特的任务目标。通关这些关卡后，玩家将获得丰厚的奖励，包括但不限于：

1. 金币与宝石：完成特定任务或击败BOSS后，玩家可以获得大量的金币和宝石。金币可以用来购买新的武器装备，而宝石则可以在商店中解锁特殊道具。

2. 角色皮肤：通过收集特定数量的金币或完成某些成就，玩家可以获得稀有的角色皮肤，让自己的忍者神龟看起来更加独特。

3. 技能点数：随着游戏进程的推进，玩家还能获得技能点数，用于提升自己所选择的角色的能力，比如增加攻击力、提高防御力或是增强特殊技能的效果。

4. 隐藏关卡与角色：探索游戏中的秘密区域或达成某些条件，玩家还可以解锁隐藏关卡和未公开的角色，为游戏增添更多乐趣。

通过不断挑战自我，玩家不仅能在《忍者神龟3》的故事模式中享受到丰富的剧情体验，还能收集各种奖励，让游戏之旅更加丰富多彩。